中国科学院生态环境研究中心始建于1975年，前身为经国务院批准成立的中国科学院环境化学研究所。经国家科委和中国科学院批准，1986年与中国科学院生态学研究中心(筹)合并，改为现名。

中心现有在职职工394人，其中科研人员273人，中国科学院院士2人、中国工程院院士3人，研究员60人、副研究员和高级工程师84人、中级研究人员109人。中心有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理博士学位授予权，有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理、分析化学、人口资源与环境经济学、有机化学硕士学位授予权，设有环境科学与工程、生物学博士后流动站，为中国科学院博士生重点培养基地。现有在学博士生364人、硕士生199人，在站博士后研究人员82人。

中心主要研究领域包括环境化学、环境工程学、环境生物学和系统生态学。研究内容涉及到环境化学、环境工程、生态学、生物学、地学等学科的互相渗透。可发挥综合性、多学科优势，研究地区性、全国性以及全球性的重大生态与环境问题。中心现设有8个研究室：环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室、城市与区域生态国家重点实验室、环境生物技术研究室、大气化学与大气污染控制技术研究室、水污染控制技术研究室、土壤环境科学研究室、环境纳米材料研究室。组建有 “持久性有毒污染物形态、环境过程与毒理效应”、“环境微界面过程与污染控制”、“土地利用与生态过程”等3个国家基金委创新研究群体和2个“中国科学院创新研究团队” 以及城市生态定位研究站。另设有文献信息中心、大型仪器实验室、二恶英实验室、环境评价部。二恶英实验室通过了实验室认可和计量认证，联合国环境规划署POPs分析示范实验室落户中心。中心与安捷伦科技有限公司合作共建“亚太地区北京环境分析实验室”、与浙江嘉兴市共建生态中心-嘉兴市生态环境研究基地、与挪威共建中-挪环境综合研究中心。中国科学院国情研究中心设在中心。中心是农业部批准的农药登记残留试验认证单位之一。 

环境化学与生态毒理学国家重点实验室立足环境化学的国际前沿，研究环境中化学污染物或新化学形态的分析方法，持久性有毒化学污染物质（PTS）在环境中的迁移变化过程及其生态毒理效应，阐明重要的环境化学过程与生物过程的机理，为持久性有毒化学污染物的控制提供科学依据。

环境水质学国家重点实验室主要研究领域包括：污染物质在环境中的复杂过程及其对生态系统的影响、污染控制技术及其集成，其研究方向是发展环境水质的现代科学与高新技术，兼顾天然水体和水处理工艺两方面的水质问题，深入研究天然水体和水处理中水质转化过程的基本规律，发展高新水处理技术和工艺基础，推进我国的环境水质科学发展，为水质资源的合理开发利用提供科学依据。